Fonctionnement Eurêcam!

Bonjour et bienvenue sur Eurêcam!
Cette application Shiny est conçue pour traiter les tableurs issus de logiciels d’analyse de pièges photographiques, tels que Camera Base, Timelapse ou TrapTagger.
Veuillez charger vos données dans l'onglet "Chargement des données" .
Vous devrez ensuite choisir les colonnes de votre tableau de données correspondant aux colonnes suivantes :
Species : colonne reprenant le nom latin de l'espèce observée
Individuals : colonne reprenant le nombre d'individus observés
Camera : colonne reprenant l'identifiant de la caméra
Site : colonne reprenant le nom du site ou l'observation a été faite
Temps : colonne(s) reprenant la date et l'heure de l'observation
Si plusieurs espèces ont été observées pour un événement, vous avez la possibilité d'ajouter les colonnes reprenant ces observations, en cochant 'Présence d'une colonne Espèce 2'
Si vous voulez charger un nouveau fichier contenant vos observations, cliquez sur le bouton 'Charger un nouveau jeu de données'.

Format des données

Veuillez vous assurer que votre tableau de données ne contient pas de 'NA'.
Si vous ne parvenez pas à charger vos fichiers des données, effectuez vos modifications dans le fichier .xlsx et exportez ensuite votre fichier final au format .csv (séparateur point-virgule).

Table de données d'inventaire :

1) Le jeu de données doit être au format de sortie .csv avec ";" comme séparateur et "." comme marque des décimales.
2) Les individus identifiés doivent être renseignés par leur genre avec la première lettre en majuscule et leur espèce en minuscule. Par exemple :
"Loxodonta cyclotis"
- Si l'identification n'est pas possible, indiquez :
"undetermined" ou "unknown" ou "inconnu"
- Si aucun animal n'a été détecté (faux déclenchement), indiquez :
"no_sp" ou "none"
- Pour être reprises dans l'indice de présence humaine, les détections d'humains doivent être indiquées :
"Homo sapiens" ou "Human" ou "Humain"
3) Si une caméra n'a pas pris de photos et qu'elle était fonctionnelle, ajoutez une entrée dans votre jeu de données, en remplissant chaque colonne de votre tableau, précisez 'no_sp' et '0' pour l'espèce et le nombre d'individus.
4)N'utilisez pas de caractères spéciaux (é, è, à...) dans le nom de vos colonnes.

Données caractéristiques de l'inventaire

Le jeu de données doit être au format de sortie .csv avec ";" comme séparateur et les nombres écrits sans décimales. Les colonnes doivent comporter ces noms exacts :
"Camera" pour la colonne comprenant les identifiants des caméras ;
"Jours" pour la colonne comprenant le nombre de journées d'activité des caméras ;
"utm_x" pour la colonne comprenant la latitude ;
"utm_y" pour la colonne comprenant la longitude.

Status

Ce fichier est un fichier .csv avec ";" comme séparateur. Les colonnes doivent comporter ces noms exacts :
"Species" pour la colonne comprenant le nom des espèces que vous avez dans vos observations
"IUCN" pour la colonne reprenant le statut UICN

Données d'inventaire

Chargez ci-dessus vos données d'inventaire selon le format précisé dans la note d'utilisateur, située à droite dans l'encadré rouge.
Chargez ci-dessus un fichier .csv reprenant le statut de conservation UICN des espèces détéctées lors de l'inventaire.


Localisation des pièges photographiques

Chargez ici un fichier .csv selon le format précisé dans l'encadré rouge 'Format des données', présent sur la page d'Accueil.

Si vous ne connaissez pas l'EPSG de la zone, vous pouvez le retrouver en suivant l'un de ce lien : Détermination de l'EPSG1. Dans la barre de recherche, remplissez comme suit : WGS 84 / UTM zone 'Latitude de la zone' . L'EPSG à sélectionner est celui correspondant au résultat exact de la recherche.
Par exemple, dans le cas d'une zone au Cameroun située à 32 degrés de latitude nord, la recherche sera : WGS 84 / UTM zone 32N et l'EPSG sortant sera le 32632.

Ou sur Détermination de l'EPSG2. Sélectionnez la zone où se situe votre site d'étude, notez le numéro de la 'zone UTM', puis recherchez le code EPSG correspondant sur internet (ex.: EPSG pour la zone UTM 33 Nord).

Selection des champs

Selection format du temps

Tableau caractéristique

Vous trouverez ci-dessous un tableau récapitulatif des communautés détectées durant votre inventaire (ne sont pas repris : les espèces non identifiées et les Hommes). Les espèces menacées sont celles répertoriées avec les codes 'EN', 'CR' et 'VU' par l'IUCN



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Indice de détection nocturne

Détection nocturne en pourcents

Indice de présence humaine

Nombre moyen d'humains détectés sur une durée d'un mois (30 jours)
La richesse spécifique peut également s’analyser en fonction de l’effort d’échantillonnage réalisé, ce qui permet d’obtenir une indication de l’exhaustivité de l’inventaire.
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Tableau analytique

Il est possible de sélectionner une, plusieurs ou toutes les espèces. Il en est de même concernant les sites.

Pas de temps
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Si vous voulez afficher la limite de votre zone d'étude, vous pouvez la charger ici.

Le fichier doit être un Geopackage (.gpkg)
Pour de potentielles applications dans un GIS, le bouton ci-dessous permet le téléchargement, au format .csv, des données GPS de chaque caméra, avec des métadonnées concernant le nombre d'individus pour chaque caméra et pour chaque espèce, la richesse spécifique par caméra, le nombre d'espèces menacées par caméra (colonne N_espece_EN), et le RAI des espèces menacées pour chaque caméra (colonne RAI_espece_EN).